在多种多样的家族里已经出现了多种类型脑炎后遗症，而且部分家族被检查出某一种基因表现异常。这些不正常类型基因能够使人体内钙、钾、钠以及多种类化学物质代谢微妙的发生变化。遗传因素一般情况下不属于直接导致脑炎后遗症因素，但能够间接对疾病发展产生影响。基因能使病人药物代谢路径，或者大脑部分神经元受到影响甚至畸形。