脑干脑炎的病症严重程度差别很大，轻度脑炎的症状跟任何病毒感染相同、头痛、头热、体力衰弱、没有食欲，较严重的脑干脑炎症状是脑的功能受到明显的影响，造成心烦气躁，不安及嗜睡，最严重的症状是臂部或腿部肌肉无力、双重视觉、语言及听觉障碍、有些病例的嗜睡现象会转变为昏迷不醒。