骶管囊肿对于处理经验丰富的神经外科医生而言，是比较安全的常规手术，但如果处理不当，也是有一定手术风险的。例如，部分在术后症状缓解不满意，或缓解时间不长后囊肿又复发，甚至有症状加重，在术后出现双下肢无力、疼痛、麻木，大小便功能障碍和性功能障碍等。所幸在显微神经外科手术和术中电生理监测的治疗条件下，这些手术风险已经明显降低，手术还是相当安全的。