手术风险是在于对神经的损伤，骶管囊肿容易损伤马尾神经，马尾神经损伤之后，会导致二便功能障碍，鞍区感觉异常，性功能也会出现异常。所以，骶管囊肿手术风险是比较大的，而且绝大多数的骶管囊肿不会单纯只是一个圆形囊肿，多数都会将马尾神经包括在内，形成比较复杂的囊肿。再处理囊肿过程中，稍有不慎就会损伤到马尾神经，马尾神经分无数细丝，每一根都有其具体作用，一旦损伤这些肉眼都难以分辨的细丝，就导致很多并发症。