脑膜炎奈瑟球菌为奈瑟菌属之一，革兰阴性，肾形，直径约0.6～0.8μm，多成对排列。其邻近面扁平，有时四个相连，新鲜分离菌株有多糖荚膜。在电镜下本菌有外膜厚约8nm，外膜与胞质膜之间为黏肽层或称周质，间隙厚约6nm。该菌仅存在于人体，可从带菌者鼻咽部及病者的血液脑脊液皮肤瘀点中检出，在脑脊液涂片时病菌在中性粒细胞内外均可见到。