痛胃镜的副作用是比较小，主要是对咽喉部和消化道黏膜的损伤。无痛胃镜和普通胃镜的区别是无痛胃镜是在全麻的情况下进行，患者感觉不到痛苦，胃镜的前端穿越咽喉部时没有抵抗，减轻了对局部组织的损伤，但是也会对消化道黏膜造成轻度的损伤。
患者需要注意的是，应在专业医生的指导下进行检查，在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。