一般情况下，早上起来肚子疼可能是急性肠胃炎、细菌感染等原因导致的。具体分析如下：
早上起来肚子疼，可能是晚上睡觉着凉导致的急性肠胃炎，患者可以服用肠炎宁片进行治疗，具有清热除湿、消炎止痛的功效，多喝温开水，或用热水袋热敷腹部，这样可以加快血液循环，缓解疼痛，避免吃辛辣刺激性的食物。早上起来肚子疼，如果还伴有大便有粘液样变、脓血便，可能是细菌感染导致的，患者可以口服诺氟沙星胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗。