一般情况下，受精卵着床后小肚子是否会疼，需要根据实际情况来判断。具体分析如下：
受精卵还处于生殖细胞阶段，还比较小，受精卵着床是正常的生理现象，一般不会引起相应的症状，这种情况下通常小肚子不会疼。在受精卵着床后，随着滋养细胞分泌雌激素和孕激素的量增加，可能会逐渐出现相应的临床症状，这种情况下小肚子可能会疼。