新生儿痢疾的原因各不相同，需要根据病因进行治疗，比如感染性疾病，细菌或真菌感染需要进行抗感染治疗，病毒性肠炎是自限性的，不需要进行抗感染治疗。如果是一般的非感染性腹泻，首先要找到变应原，其次是乳糖酶。在治疗的时候，轻度儿童只需要对症处理，不需要静脉补液，而重度儿童需要静脉补液、维持电解质和酸解平衡。
一、病因治疗
如果是乳糖酶不耐受，可以通过服用乳糖酶或者是免乳糖配方喂养，如果是牛奶蛋白过敏，可以选择使用深度水解蛋白奶粉或者是氨基酸配方乳。
二、药物疗法
1.微生态调节剂：主要包括双歧杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌等。
2.肠粘膜保护剂：主要用于吸收细菌、毒素，保持肠细胞的吸收和分泌。
3.控制感染：细菌性痢疾、沙门菌肠炎、非侵袭性细菌所致的腹泻、非侵袭性细菌所致的腹泻等都要进行抗菌药物的治疗，尽可能的进行粪便的细菌培养和药敏实验。如果是真菌感染，可以给药，如果是全身感染，可以选择口服酮康唑或者是氟康唑。