通常情况下，每天早上起来肚子疼上完厕所就好了的患者可以通过使用药物、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下：
使用药物：每天早上起来肚子疼上完厕所就好了的患者可能患有慢性肠炎，患者可以按照医嘱使用肠炎宁片、固本益肠片、飞扬肠胃炎胶囊等药物进行治疗。
日常护理：患者平时应注意加强休息，饮食清淡，平时多喝热水，还可以适当的进行运动。