肚子疼是否可以喝藿香正气水需要看具体情况，如果是胃肠型感冒或者脾胃功能失调引起的肚子痛，可以喝藿香正气水。急性阑尾炎、急性胆囊炎、急性胰腺炎、肠梗阻、妇科疾病等都不能喝藿香正气水，否则可能会加重病情，影响患者身体恢复，需要通过抽血化验、腹部超声等检查来明确肚子痛的原因。患者也应积极配合医生进行治疗。