通常来说，长期消化不良的原因主要有功能性消化不良、压力过大、器质性疾病等。
消化不良是由于上腹部饱胀不适、嗳气、反酸、烧心等常见的功能性消化不良，如果存在工作、学习压力等，也可能会导致压力过大。器质性消化不良包括慢性胃炎、慢性萎缩性胃炎、胃下垂、消化性溃疡、慢性胰腺炎、慢性胆囊炎和胆结石、慢性肝肾疾病、肝肾功能不全等。