目前来说治疗结肠炎的药物首选柳氮磺胺嘧啶，这种药物具有消炎，而且有涩肠止泻的作用，直接作用于结肠部位。
有此病，若腹泻频繁，可服用蒙脱石散或盐酸苯乙哌啶等，可服用涩肠止泻的药物，以减少腹泻的次数。
在服药的过程中要密切观察，如果出现腹部疼痛的症状，可以配合缓解平滑肌痉挛的药物6542片共同服用治疗。