一般情况下，胃食管反流患者长期服药可能会有副作用，具体内容如下：
如果患者出现了胃食管反流的情况，通常需要在医生指导下使用质子泵抑制剂来进行治疗，如奥美拉唑肠溶片等，以控制胃酸分泌。而这类药物与食品、营养品的性质有所不同，可能会产生一定的副作用，可能会影响患者胃肠道的菌群平衡状态，长期服药可能对患者的胃肠道功能产生影响。因此，在出现不适症状后，患者应遵医嘱调整药物使用量，或更换药物，以免进一步影响身体健康。