通常来说，牛奶蛋白过敏和乳糖不耐受是不一样的。
牛奶蛋白过敏可涉及全身各个系统，并以消化系统症状和皮肤症状为最主要表现，比如呕吐、反流、腹泻、便血、肠绞痛、湿疹、荨麻疹等；乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌少，不能完全消化分解母乳或牛乳中的乳糖所引起的非感染性腹泻，又称乳糖酶缺乏症。乳糖酶缺乏是广泛存在的世界性问题，远东人群发生率高，大部分人群不出现症状，但在以乳汁为主要饮食的新生儿及婴幼儿中常发生腹泻等症状。