通常来说，粪菌移植有许多不良反应，具体分析如下：
根据最近的副作用，粪菌移植是比较安全的，一般患者会出现一过性发热、腹痛、腹泻等症状，不过这种症状在24小时内就会消失，不需要特殊的医疗手段。但从长期和长期的不良反应来看，粪菌移植是近五年才出现的一种新技术，目前还没有相关的长期研究资料，尤其是十年以上的不良反应。