通常来说，食管炎和咽炎的不同主要有临床症状、使用药物等。
1.临床症状：食管炎泛指食管粘膜的浅层或深层组织受到刺激或损伤，发生黏膜充血和水肿而引发的炎症，临床最常见的是反流性食管炎。主要症状表现为烧心、吞咽困难、胸骨后疼痛等；咽炎是发生于咽黏膜、黏膜下组织的炎症，多累及咽部淋巴组织。患者可出现咽部疼痛、咽部干燥感、咽部灼热感、异物感等。
2.使用药物：食管炎建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有艾司奥美拉唑镁肠溶片、西咪替丁胶囊、盐酸雷尼替丁片等；咽炎建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有布洛芬缓释胶囊、西地碘含片、银黄含片等。