小肠镜检查操作较为复杂，所以相比大肠镜检查其价格较高。大肠镜的检查费用约为300元，小肠镜的检查费用约为5000元。
小肠镜是一种费时费力的手术方法。小肠镜是观察小肠损伤的关键。目前可以用胶囊小肠镜来观察小肠的病变，这样做会让病人有更好的舒适感，但胶囊小肠镜与肠镜检查存在区别，建议患者遵从专业医生的诊疗方案。