通常情况下，新生儿消化不良会引起低热。具体情况分析如下：
新生儿的消化系统会因为食物在肠道内滞留的时间过长而发酵，会产生大量的气体，同时还会释放出热量，造成身体温度上升。但是消化不良、低热也有可能是因为寒邪入侵，如果寒邪阻滞了人体的阳气，使之郁结化热，那么身体就会发热，会感到恶心，还会有消化不良和低热的症状。所以要确定病因，然后才能进行正确的治疗。