因为鼻胃镜就是通过鼻子插管来进行检查，所以鼻胃镜不常做。
由于鼻中弯弯曲曲，手术难度很大，鼻孔中的血管很多，皮肤也很薄，再加上鼻子里的小孔，很有可能会造成粘膜破裂，造成流血。而且经鼻胃镜虽然较细，清晰度相对于普通的电子胃镜还是较差。另外，由于鼻胃镜的结构较窄，所以做内窥镜手术有一定的限制，有些手术是不能用鼻子做的。