新生儿脑沟增宽首先是先天性脑发育不良引起的。这样的孩子往往在胎儿期就感染了病毒，导致大脑发育不良，或者分娩时严重缺血缺氧导致的脑部疾病。这些因素会导致孩子的大脑发育迟缓，从而导致脑沟变宽。
此外，其可能是由先天性遗传疾病或儿童染色体异常引起的，如21三体综合征。此时的孩子往往伴有腭裂、先天性心脏病等其余畸形。如果新生儿脑室增宽，并伴有智力明显下降，家长可给新生儿应用滋养脑神经的药物或补肾健脑的中药。