经颅磁治疗仪的主要作用是可以治疗脑血管病，焦虑症和抑郁症。
经颅磁治疗仪一般可以改善已经瘫痪的肢体和不会说话的语言功能，包括认知功能等，都具有很好的疗效。在医学上此治疗仪也具有改善血管弹性，改善脑血液微循环和增加受损脑细胞代谢速度的功能，所以可以启动脑内源性神经保护机制，从而对于焦虑和抑郁症状有一定的辅助治疗效果。