通常来说，早上起来打嗝可能是肠道菌群失调症、胃肠功能紊乱等原因造成的。
1.肠道菌群失调症：肠道菌群按一定的比例组合，各菌间互相制约、互相依存，如果肠道菌群的正常生理组合被破坏，可能会产生病理性组合、引起临床症状，即肠道菌群失调症，主要表现为腹泻、腹胀、腹痛、腹部不适等，可能会导致早上起来打嗝。
2.胃肠功能紊乱：胃肠功能紊乱是由生物、心理、社会、疾病等因素引起的胃肠异常情况，可表现为反酸、嗳气、恶心、呕吐等，也可能会导致早上起来打嗝。