一般情况下，吃了酵素后肚子疼，主要是因为病人自身有轻微的肠炎，不能食用酵素。具体情况分析如下：
吃了酵素后，会出现轻微的胃肠功能异常，很有可能引起拉肚子，因此对于便秘的人来说比较好。如果肚子疼，可以停吃酵素，可以口服藿香正气胶囊、肠炎宁等，这样可以起到保护肠粘膜的作用，减轻腹部的疼痛，同时也可以减少使用酵素。日常生活中要避免吃辛辣刺激的食物，还要经常做热敷。