等孢球虫病是一种自限性的疾病。通常情况下，等孢球虫病的治疗方法有药物治疗。具体情况分析如下：
治疗等孢球虫病的药物有复方磺胺甲恶唑、磺胺嘧啶、伯氨喹、氯喹、呋喃唑酮等。其中复方磺胺甲恶唑适用于是由敏感菌株引起的情况，临床上以药疹为主，也可出现光敏反应、药物热、关节、肌肉疼痛、发热等血清病样反应，偶尔还会出现过敏性休克。孕妇、哺乳期妇女、不满两个月的婴幼儿、严重的肝脏和肾脏损伤患者均不能使用。