通常情况下，慢性溃疡性非肉芽肿性空肠回肠炎的治疗方法有药物治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：抗生素对非肉芽肿性空肠回肠炎的治疗效果不佳。泼尼松在治疗患者的症状改善上有一定的疗效，但其远期疗效尚不清楚。但如果长期大量使用泼尼松，会导致库欣氏综合症，如果合并肝肾功能不全，不宜长期大量使用。
2.手术治疗：手术治疗一般是指肠道部分切除术，能够有效的切除溃疡。