通常情况下，残窦综合征是胃窦切除不全、幽门括约肌失调等原因引起的。
1、胃窦切除不全：在完成二次手术后，由于十二指肠液的刺激，残余的胃窦粘膜会分泌出大量的胃泌素，这些胃泌素会被吸入血液，从而影响到胃的粘膜，从而刺激胃粘膜，从而导致胃酸的分泌。
2、幽门括约肌紊乱：由于幽门括约肌功能不全，导致胆汁逆流，是残窦综合征的主要病因。胰液中的磷脂能与胆汁、胰酶共同作用，能溶解粘液，破坏胃壁的屏障，促进H+和胃蛋白酶的反弥散进入粘膜，造成更大的损害。从而导致残窦综合征。