通常情况下，食管过短是先天性、疾病、环境等引起的。
先天性：先天性食管过短是由先天性解剖学上的异常引起的。胃向膈上移动，食管较短，无法保持胃在膈肌下的正常解剖状态。通过胸主动脉的分支，直接提供胃的血液供应。胸腔前侧无囊状的腹膜，向上突出到膈上。横膈孔的腹腔解剖学上无异常。
疾病：先天性胃疝反流、食管溃疡、炎症性食管纤维化等疾病可能会导致食管过短。
环境：恶劣的缓解会造成胎儿的基因变异，从而造成胎儿的食道发育不正常。