糜烂性食管炎可以通过质子泵抑制剂（PPI）类药物、胃黏膜保护剂、促动力药等药物进行治疗。
（1）质子泵抑制剂（PPI）类药物：PPI是治疗反流性食管炎的首选药物，单剂量PPI治疗无效可改用双倍剂量，一种PPI无效可尝试换用另一种PPI。常用PPI有埃索美拉唑、奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、艾普拉唑等。
（2）胃黏膜保护剂：可以增强胃黏膜防御能力，适用于有胃黏膜糜烂、出血或症状明显者。可选用硫糖铝、铝碳酸镁等。
（3）促动力药：适用于上腹饱胀、早饱等为主要症状者。常用药物有甲氧氯普胺、多潘立酮、伊托必利、莫沙必利等。