早上起床肚子疼可通过以下方式进行处理：
肠管内积气，使肠腔压力增高，可能会引发肠管痉挛，导致患者出现早上起床肚子疼的症状，建议患者在医生的指导下服用山莨菪碱或阿托品等解痉药进行治疗。如果用药后患者的症状仍未缓解，建议及时前往医院就诊，通过检查明确诱发腹痛的具体病因后，在医生的指导下进行针对性治疗。
日常生活中，患者要注意多休息，早睡早起，不要熬夜，不要有太大的精神压力。