小肠消化不良症候群的处理方法有：
1、主要是药物疗法：主要是服用胰酶制剂，常见的有胰酶肠溶胶囊、复方消化酶、米曲菌胰酶片等，这些药物含有不同的胰酶组成，可以起到一定的调节肠道菌群的效果；
2、如果患者不出现腹泻、消瘦等症状，通常不需要特别的治疗。注意监测体温、呼吸、脉搏、血压；注意意识和黄疸的变化。保证维生素和各种微量元素的摄入，多食水果蔬菜，少食辛辣刺激类食物，少饮酒。