胃窦粘膜慢性炎伴肠化需要按医嘱服用抗生素、胃黏膜修复剂等药物进行治疗，必要时需手术治疗。
患者胃窦黏膜慢性炎症性改变考虑属于慢性胃窦炎症状，如果伴随有肠化现象多考虑属于慢性萎缩性胃窦炎表现。临床治疗方面建议使用胃黏膜修复剂修复损伤的胃黏膜，同时配合维生素类药物一起调理。对于存在幽门螺旋杆菌感染者，还需要服用四联药物根除幽门螺杆菌。