拉肚子肛门会疼的原因如下：
大便次数增多引起肛门括约肌收缩频率增大，进而导致多次刺激肛管粘膜，拉肚子时会流出大量碱性肠液，直肠肛门处皮肤比较薄弱敏感，在碱性肠液刺激下容易产生痛感。建议患者在医生的指导下，通过服用蒙脱石散、妈咪爱、乳酸菌素、美肠安等药物进行治疗，改善相关症状。日常生活中，建议患者每天三餐规律，细嚼慢咽，还要保持健康的作息，有利于身体健康。