如果慢性肠炎明确有细菌感染，可以使用抗菌药物，如头孢克肟、克拉霉素等。
如果慢性肠炎患者腹泻，可使用蒙脱石散止泻治疗。如果患者腹痛，可以使用山莨菪碱等解痉药物治疗。若患者出现慢性肠炎，应及时去医院就诊。药物需在医生的指导下使用。治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，患者可以适当增加营养的摄入，有利于身体恢复。