功能性消化不良可采取中成药治疗，一般可以吃大山楂丸、大山楂丸、木香顺气丸等药物。
常用中成药如木香顺气丸、木香顺气丸等理气宽中、消食导滞，对功能性消化不良有良好疗效；此外还可促进胃肠蠕动、改善消化不良症状；枳实导滞丸、枳实导滞丸能理气消积、消食除胀；或还可选用大山楂丸、大山楂丸等消食化积、改善消化不良等。