胃肠镜检查因医院等级、所用胃肠镜、价格而异，一般在1000元左右。
胃肠镜检查有普通胃肠镜和无痛胃肠镜两种，普通胃肠镜的成本比较低廉，通常要单独进行，每次约200-300元，2次约600元。无痛胃肠镜可一次性完成，通常要收1次麻醉费，外加麻醉药物的使用，所需成本约为1000多元。具体收费需咨询就诊医院。