食管粘膜异位能自愈。
因为食管粘膜异位症为先天性解剖结构异常，以胃粘膜上皮为主，可累及食管粘膜，本病不能自愈，但有些症状不重者可不作处理。
通常存在食管粘膜异位症者可出现反酸、咽部烧灼感、吞咽困难等症状，多采用服抑酸药、促胃动力药等方法进行治疗，病症严重者则需采用手术治疗。平常不吃生、冷、辣、油腻的食物。