通常情况下，食管胃粘膜异位患者，若无任何临床表现，可暂且不作特别治疗。如果出现食管溃疡、出血、并发胃食管反流病等情况，需要进行抑酸治疗，可以服用质子泵抑制剂。
假如抑制酸化无效，且症状较多，患者的精神压力较大，怀疑发生癌变，则应采用内窥镜下粘膜剥离术。如果病情比较严重，可以针对不同的情况进行处理，改善病情。