胃镜肠镜一般不会感染乙肝病毒，只要患者到正规医院进行胃镜、肠镜检查等，都有一定的安全保障。
由于在检查前医院要先让患者接受艾滋病，乙肝，丙肝，梅毒等传染病的检测，当结果为阴性时，再接受胃肠镜检查。如检验结果为乙型肝炎时，院方将采用特殊胃镜或肠镜，并和普通病人隔离开来，且在每一次检验后，都将彻底消毒，可有效地避免交叉感染。