十二指肠镜对胆道、胰腺疾病的诊治具有重要意义。胆道结石，胆道肿瘤，胆道狭窄，胆道蛔虫，胰腺炎、胰腺囊肿、胰腺肿瘤等胰腺疾病，都需要进行十二指肠镜检查。通常可以采用十二指肠镜进行乳头切开、胆道结石取出、支架植入胆道狭窄、胰腺肿瘤支架植入、胰腺狭窄支架植入等。而且，随着医疗技术的发展，十二指肠镜可以在子母镜下进行胆道检查，同时在子母镜下进行激光碎石、液电碎石。