内镜下全层切除术由内镜下黏膜下层剥离术发展而来并以黏膜下或者长入消化道腔外的病灶为主，为了确保病灶的完整去除，需要对消化道壁进行破壁处理，破壁处理后相当于人造穿孔处理，因此临床直接施行全层切除术。
全层切除，对穿孔控制及修补手段更丰富，更先进，更少出血止血夹就能关闭。如果伤口比较大，可以应用荷包缝合技术（止血夹+尼龙绳），较难治疗可用OTSC治疗。