通常情况下，肚脐眼里面疼痛主要是由于局部软组织感染，如脐尿管未闭、脐尿管未闭所致。
还可能会形成脓肿，常见的表现为疼痛和发热。有可能是继发于腹部的疾病，比如阑尾炎，早期的症状是腹部周围的疼痛，随着病情的发展，会出现右侧腹部的疼痛。还有可能是肠道疾病，如溃疡性结肠炎、肠道肿瘤等，可出现腹痛、大便不成形、大便不成形等症状。