一般情况下，畸形性吞咽困难要做的检查比较多，具体分析如下：
1、X线：目前最常见的一种X线检查方法，对人体危害较小。当X射线检查时，若有明显的气道隆凸，或有纵膈的阴影，则可能是先天性的。
2、食管造影：食管造影具有较高的准确性，能显示出主干上存在的影子。
3、食管镜：食管镜下，食管有较大的波状凸出；了解食道压迫的位置和严重程度，有助于早期诊断。
4、CT：能观察到主动脉弓根和主动脉的主动脉异常，确定病变的位置，为以后外科的外科治疗提供依据。目前已基本上代替了传统的动脉造影，具有较高的临床应用价值。
5、MRI：对于主动脉弓根和主动脉的主干血管的解剖异常也能得到精确的诊断。CT在临床上具有较高的诊断意义，已逐渐替代传统的动脉造影。
6、内窥镜：在左侧主动脉弓部、右主动脉弓部和左侧主动脉的内侧，通过内窥镜观察，发现在食道后方有一个由动脉压迫引起的凸出，与颈动脉和腕部动脉的跳动相吻合，当有食道后位动脉位于食道后方时，经镜观察，发现与动脉搏动相对应的凸起。
7、血管造影术：能观察到主动脉弓部和各大主动脉的结构异常。