腹泻是结肠炎的主要表现。药物是主要的治疗方法，如果有需要，可以选择手术。对于结肠炎的病人，可以选用5-氨基水杨酸类的药物，例如柳氮磺比啶，尤其是轻、中度结肠炎的病人。
如果已经服用了柳氮磺比啶，但是没有明显的改善，或者是病情比较严重的，可以选择强的松、地塞米松等糖皮质激素。另外还需要注意补充水分，保持体内的水份平衡。如出现出血、穿孔或阻塞，应考虑外科手术。