大多数卵巢囊肿一般不会表现出任何症状，也不会感到痛苦，但也有少部分的卵巢囊肿会导致疼痛，例如巧克力囊肿，不成熟的畸胎瘤等。
生理性的囊肿一般在月经结束后不会出现疼痛症状，如果是由于炎症刺激导致的卵巢囊肿，在治疗后会逐渐缩小或者消失。因为如果是生理性的囊肿和良性的卵巢囊肿是不会出现明显的改变和疼痛的。