由于卵巢囊肿的具体性质不同，所以其原因也会有很大差异。
卵巢上有黄体囊肿，可能是因为排卵后LH激素的刺激，导致了生理囊肿。如果是卵巢上的普通囊肿，可能是因为体内的雌激素水平太高所致。卵巢上有炎性囊肿，可能是因为附件炎。如果是卵巢上的巧克力囊肿，可能是因为子宫内膜异位到了卵巢上，主要是因为盆腔手术，或是经期有性生活。