巴氏腺囊肿应该怎么治疗需要根据具体情况来确定：
如果是巴氏腺囊肿很小，没有出现局部炎症，可以不治疗，要密切观察，同时要避免食用刺激性的食品，避免食用海鲜等发物，多食用新鲜的瓜果和蔬菜。巴氏腺囊肿是大的，或是伴随着疼痛和炎症，就必须进行手术。巴氏腺囊肿复发、年纪大的病人，可以考虑进行巴氏腺囊肿切除术。