微导管无痛人工流产是一项相对安全的小手术，但是对于子宫内膜和宫颈都有一定的损伤。有可能发生炎症、月经紊乱、闭经、宫颈、宫腔粘连、继发不育并发症等。
有些孕妇在哺乳期间，有剖宫产史，子宫的前屈、后弯、子宫肌瘤、子宫畸形等都会增加手术的难度，甚至会出现流产不全、子宫穿孔、大出血、漏吸等并发症，从而导致二次妊娠。