药物流产不彻底做清宫术会有一定的痛苦。药物流产没有彻底清除，做清宫手术的时候，每个人的痛苦都不一样，药物流产后，服用药物后，宫颈口会有很大的膨胀，扩张宫颈不会有任何的痛苦，但是如果是负压的话，用刮匙刮宫的时候，会有一些痛苦。
如果想要减少痛苦，可以采用无痛清宫术，因为无痛清宫术是在病人昏迷状态下进行的。