通常情况下，做卵巢囊肿检查的最佳时间是月经干净3-7天。具体情况分析如下：
卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，患者可能会出现坠胀、下腹部不适、月经异常等症状，月经干净3-7天的患者此时去做卵巢囊肿检查，由于阴道分泌物少，盆腔也不会处于充血状态，会更清晰的了解到卵巢囊肿的大小，初步判断卵巢囊肿的性质。患者可以按照医嘱使用消结安胶囊、红金消结浓缩丸、桂枝茯苓胶囊等药进行治疗。